Viện được thành lập trên cơ sở Viện Kinh tế nông nghiệp và một số đơn vị khác của Bộ NN-PTNT vào ngày 9/9/2005.
Những ngày đầu thành lập, Viện gặp nhiều khó khăn cả về cơ sở vật chất hạ tầng đến ngân sách. Tuy nhiên, đến nay Viện đã không ngừng tự đổi mới về tổ chức, thu hút nhân tài, tăng cường năng lực, cải tiến công nghệ, nâng cao chất lượng sản phẩm, đẩy mạnh hội nhập, mở rộng đối tác để đáp ứng tốt hơn nhu cầu nghiên cứu, tham mưu và tư vấn chính sách. Viện ngày càng khẳng định được uy tín của mình với Đảng, Chính phủ, Quốc hội, địa phương, DN, người dân và các đối tác nước ngoài trong lĩnh vực NN-PTNT.
IPSARD không chỉ là cơ quan nghiên cứu thuần túy mà còn tham gia tích cực vào tham mưu, tư vấn, thông tin, đối thoại chính sách phục vụ quản lý nhà nước trong lĩnh vực NN-PTNT. Chủ đề nghiên cứu, tư vấn của Viện trải rộng trên các lĩnh vực như chính sách vĩ mô, liên ngành; mô hình kinh tế mô phỏng, dự báo trong lĩnh vực NN-PTNT; phân tích thị trường, ngành hàng nông nghiệp; hội nhập kinh tế quốc tế trong NNNT; phát triển nông thôn; phát triển thể chế, tổ chức SX-KD trong NNNT...
Viện đã tham gia tích cực trong công tác tư vấn chính sách, xây dựng mô hình tổ chức với các địa phương, đơn vị, các cơ quan phát triển trong và ngoài nước; tư vấn đầu tư cho các DN trong nông nghiệp, nông thôn. Điều quan trọng nhất là tư duy cán bộ của viện đã coi phục vụ lãnh đạo, phục vụ các thành phần kinh tế vừa là thực hiện nhiệm vụ chính trị vừa đáp ứng nhu cầu khách hàng, coi kết quả nghiên cứu vừa là sản phẩm dịch vụ vừa là kết quả khoa học.
Với sự quan tâm của Bộ NN-PTNT, Viện được trang bị nhiều máy móc, thiết bị mới, hiện đại, đáp ứng đủ nhu cầu sử dụng và tạo môi trường làm việc hiện đại cho cán bộ nghiên cứu, tương đương như các đơn vị nghiên cứu kinh tế chính sách ở các nước Đông Nam Á. Quan trọng hơn, Viện đã không ngừng cải cách tổ chức, đổi mới cơ chế hoạt động, mở rộng và nâng cấp chất lượng của đội ngũ cán bộ.
Bộ máy IPSARD được hình thành với 3 phòng chức năng, 4 bộ môn, 4 trung tâm độc lập, trong đó có một trung tâm đặt trụ sở tại TP Hồ Chí Minh. Tổng số cán bộ của Viện hiện có 155 người, trong đó có 12 tiến sỹ, 54 thạc sỹ, 57% cán bộ thành thạo ngoại ngữ, 46% cán bộ dưới 30 tuổi.
Là một trong những đơn vị trong Bộ đi đầu trong quá trình chuyển sang tự chủ, tự chịu trách nhiệm, Viện xây dựng tầm nhìn dài hạn, thực nghiệm thành công và áp dụng hình thức cấp trưởng đề xuất đề bạt cấp phó trong các đơn vị trực thuộc, làm tốt công tác tự chủ tài chính, tự chủ hợp tác quốc tế.
Với tất cả cán bộ của Viện, thị trường KHCN không còn là khái niệm xa lạ, các đơn vị đã làm tốt việc nghiên cứu, tự chủ, tự chịu trách nhiệm về nhân sự và tài chính. Với đội ngũ cán bộ năng lực cao, IPSARD đã đạt được nhiều kết quả nghiên cứu, điển hình như: “Kinh nghiệm phát triển nông nghiệp, nông dân, nông thôn trong quá trình công nghiệp hóa của các nước” được đánh giá cao và sử dụng trong quá trình xây dựng Nghị quyết 26, BCH TW 7 khoá X về nông nghiệp, nông dân, nông thôn. Các kết quả nghiên cứu khác đã đóng góp tích cực cho công tác sửa đổi Luật Đất đai, Luật HTX, xây dựng Đề án Tái cơ cấu ngành nông nghiệp, Chiến lược phát triển ngành NN-PTNT đến năm 2020, chương trình xây dựng NTM, các chính sách thu hút đầu tư về nông thôn...
IPSARD cũng tham gia tích cực vào các hoạt động hợp tác quốc tế và mở rộng các hoạt động tư vấn ra nước ngoài. Điển hình Viện đã tư vấn xây dựng chiến lược phát triển nông nghiệp, nông dân, nông thôn và hỗ trợ xây dựng đơn vị nghiên cứu và tham mưu chính sách cho Lào; tư vấn và chia sẻ kinh nghiệm về xây dựng chính sách phát triển nông nghiệp nông thôn cho Myanmar; hỗ trợ Cu Ba đổi mới chính sách nông nghiệp; chuẩn bị đề án đầu tư thí điểm tại Angola...
Viện tiếp tục phát triển quan hệ hợp tác với tổ chức phát triển như World Bank, FAO, IFAD, UNDP, ADB, CIDA Canada, SIDA Thụy Điển, DANIDA Đan Mạch, AECID Tây Ban Nha, ACIAR Úc, Oxfam, IDH Hà Lan, Quỹ Phát triển châu Á, Tập đoàn Chinfon (Đài Loan), VECO Bỉ… và mở rộng sang hình thức hợp tác đối tác với các đối tác Úc, Thụy Điển, Đan Mạch, Hà Lan… Đội ngũ lãnh đạo và các cán bộ trẻ, tài năng và nhiệt huyết của Viện sẽ tăng cường tinh thần “đoàn kết, chuyên nghiệp, sáng tạo, vươn lên tầm cao mới”, quyết tâm đạt được mục tiêu đưa Viện “Trở thành cơ quan nghiên cứu và tư vấn chính sách nông nghiệp, nông thôn hàng đầu tại Việt Nam. Là cầu nối tin cậy giữa Nhà nước với nông dân và DN”.
TS Nguyễn Đỗ Anh Tuấn – Viện trưởng Viện Chính sách và Chiến lược PTNNNT