Phân tích rủi ro (Risk Analysis) là một trong những nội dung quan trọng nhất của Hiệp định SPS. Mục đích của quy định về phân tích rủi ro, cũng như các quy định khác trong hiệp định, là nhằm bảo vệ sức khỏe của vật nuôi, cây trồng và con người trên cơ sở các bằng chứng khoa học mà không làm bóp méo quan hệ thương mại quốc tế. Tuy nhiên, để có thể vận dụng được quy định này vào thực tiễn, nhất là với thành viên mới gia nhập WTO và là nước đang phát triển như Việt Nam, là điều không hề dễ dàng.
Về cơ bản, phân tích rủi ro đối với hàng hóa nói chung gồm 4 nội dung chính: (i) Xác định nguy cơ (ii) Đánh giá nguy cơ (iii) Quản lý nguy cơ (iv) Truyền thông nguy cơ. Khung phân tích rủi ro về dịch hại đối với cây trồng dựa trên các hướng dẫn của Công ước Bảo vệ Thực vật Quốc tế (IPPC), phân tích rủi ro về dịch bệnh đối với động vật và sản phẩm động vật dựa trên các hướng dẫn của Tổ chức Thú y thế giới (OIE), phân tích rủi ro về nguy cơ đối với an toàn thực phẩm dựa trên các hướng dẫn của Ủy ban Codex.
Trên cơ sở các thông lệ quốc tế và kinh nghiệm làm việc tại nhiều nước, và đặc điểm riêng của Việt Nam, hai chuyên gia quốc tế của dự án là Ulrich Kilm (Thụy Sĩ) và Ralf Lopian (Phần Lan) cho rằng, cấu trúc tổ chức cho hoạt động phân tích rủi ro của Việt Nam có thể có các bộ phận với các chức năng cụ thể là:
(i) Cơ quan quản lý nhà nước của từng lĩnh vực (Cục Bảo vệ thực vật, Cục Thú y và Cục An toàn vệ sinh thú y thủy sản của Bộ NN&PTNT, Cục An toàn Vệ sinh thực phẩm của Bộ Y tế). Trách nhiệm của cơ qua quản lý là lựa chọn các biện pháp quản lý nguy cơ, triển khai việc thực hiện và giám sát có hiệu quả.
(ii) Ban chỉ đạo cho từng lĩnh vực (thực vật, thú y, VSATTP) với sự tham gia của các thành viên có tính chuyên môn cao, thuộc nhiều cơ quan và tổ chức quản lý, nghiên cứu, doanh nghiệp; có nhiệm vụ giám sát, đánh giá về mặt chuyên môn cho hoạt động phân tích rủi ro, đóng vai trò là vùng đệm giữa cấp lập pháp/hành pháp và cấp khoa học, và quan trọng nhất là để đảm bảo tính độc lập, khách quan về khoa học trong phân tích rủi ro.
(iii) Các đơn vị thực hiện phân tích rủi ro. Đây là những đơn vị chuyên môn thuần túy thực hiện các nội dung khoa học của hoạt động phân tích rủi ro, hoạt động trên cơ sở chương trình mà Ban chỉ đạo xây dựng, thực hiện tòan bộ hoặc một phần công việc phân tích rủi ro và có thể hợp tác với các đơn vị nghiên cứu bên ngoài. Nội dung công việc của các đơn vị này tập trung vào xác định, đánh giá và quản lý nguy cơ. Trong giai đoạn quản lý nguy cơ, phải đưa ra được các giải pháp kiểm soát nguy cơ khác nhau để cơ quan quản lý lựa chọn.
(iv) Đội ngũ chuyên gia bên ngoài. Mục đích là nhằm huy động tri thức, kinh nghiệm từ bên ngoài do các đơn vị thực hiện phân tích rủi ro không thể đảm đương hết công việc phân tích rủi ro. Ngoài ra, đội ngũ chuyên gia bên ngoài cũng có thể là một nguồn đánh giá độc lập, song song với hoạt động phân tích rủi ro của các đơn vị phân tích rủi ro, do vậy tăng tính khách quan của các biện pháp quản lý được đưa ra cho cơ quan quản lý lựa chọn.
Theo các đại biểu từ các Bộ Công Thương, Bộ NN&PTNT, Bộ Y tế, Tổng cục đo lường chất lượng (Bộ Khoa học và Công nghệ), việc vận dụng được các quy định, hướng dẫn, thông lệ và kinh nghiệm quốc tế vào điều kiện của Việt Nam là không hề đơn giản.
Về tổ chức, ba lĩnh vực bảo vệ thực vật, thú y (bao gồm cả động vật trên cạn và dưới nước) và vệ sinh an toàn thực phẩm hiện nay được giao cho hai bộ quản lý là Bộ NN&PTNT (mới nhập thêm lĩnh vực thủy sản) và Bộ Y tế. Ngoài hai bộ này, các Bộ Công Thương, cơ quan hải quan cũng có liên hệ chặt chẽ. Nhưng thực tế sự liên kết về mặt chức năng giữa các cơ quan này trong việc quản lý chất lượng sản phẩm hàng hóa từ khâu sản xuất tới tiêu dùng trong nước, cũng như đối với hàng hóa xuất-nhập khẩu vẫn chưa được thực hiện tốt. Hiện nay cũng đã có một số hình thức tổ chức liên ngành được thành lập như Tổ liên ngành về VSATTP nhưng hiệu quả hoạt động chưa cao. Bản thân trong các cơ quan quản lý nhà nước cũng đã có các tổ chức, đơn vị và hoạt động gần tương tự với nội dung phân tích rủi ro, nhưng còn phân tán và đặc biệt chưa đảm bảo tính chất độc lập, khách quan cũng như chất lượng về mặt khoa học. Bên cạnh đó, đội ngũ cán bộ, trang thiết bị còn nhiều hạn chế, v.v….
Như vậy, việc hội nhập kinh tế quốc tế mà cụ thể là thực hiện các quy định trong các Hiệp định của WTO, trong đó có Hiệp định SPS và quy định về phân tích rủi ro sẽ vẫn chưa được thực hiện một cách hiệu quả nếu không có những thay đổi căn bản về cấu trúc tổ chức của các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan, và kèm theo đó là thay đổi về chức năng-nhiệm vụ của các cơ quan này; nếu như không có sự đầu tư dài hạn và tập trung về con người và trang thiết bị nghiên cứu khoa học, nghiên cứu chính sách, v.v…