Chương trình không được áp dụng định mức chi tiêu của UNDP/EU do đó rất khó cho việc ký kết hợp đồng thuê khóan chuyên môn với các đơn vị cung cấp dịch vụ và các chuyên gia có năng lực. Các Đơn vị cung cấp dịch vụ đưa ra định mức chi cho các hoạt động giảng dạy, tập huấn, cao hơn rất nhiều so với định mức được quy định trong Quyết định số 61 của Bộ Tài chính ban hành ngày 02/11/2006 Về việc ban hành một số các định mức chi tiêu áp dụng cho các dự án/chương trình có sử dụng nguồn vốn Hỗ trợ phát triển chính thức (ODA)". Đặc biệt chương trình không được áp dụng định mức chi tiêu của UNDP/EU do đó rất khó cho việc ký kết hợp đồng thuê khóan chuyên môn với các đơn vị cung cấp dịch vụ và các chuyên gia có năng lực. Đến nay do định mức chi trả cho giảng viên các lớp tập huấn theo định mức của tài chính Nhà nước Việt Nam thấp nên mới chỉ có 2 Trường Đại học (Đại học Nông nghiệp I hà Nội và Đại học Nông lâm Thái nguyên) nhận thực hiện cho chương trình một số lớp tập huấn ban đầu.

Học viên tham gia lớp tập huấn là những cán bộ hưởng lương nên không có chế độ phụ cấp dẫn đến họ thiếu nhiệt tình tham gia các khóa học do chương trình tổ chức.