Ngày 3/1/2008, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 01 về quy định chức năng, nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Bộ NN&PTNT (mới) sau khi được sáp nhập với Bộ Thuỷ sản (cũ). Bộ NN & PTNT mới sau khi sáp nhập sẽ quản lý ở 6 lĩnh vực chính. Ngoài ra, tại Nghị định vừa được Chính phủ ban hành, Bộ này sẽ có thêm nhiều Cục chuyên ngành mới. >> Nghị định 01/2008/NĐ-CP

Theo Nghị định này, Bộ NN&PTNT mới sẽ thực hiện chức năng quản lý đối với 6 lĩnh vực chính là: nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thuỷ sản, thuỷ lợi và phát triển nông thôn trong phạm vi cả nước.

Bên cạnh đó, Bộ NN&PTNT cũng được giao thực hiện 30 nhiệm vụ chuyên ngành của mình.

Nghị định cũng quy đinh cơ cấu tổ chức đối với Bộ NN&PTNT gồm 27 đơn vị đầu mối, trong đó đáng chú ý là có một số đơn vị mới được thành lập là: Cục Chế biến, Thương mại nông lâm thuỷ sản và nghề muối; Cục Nuôi trồng thuỷ sản; Cục Kinh tế hợp tác và PTNT; Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thuỷ sản; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Trung tâm Khuyến nông - khuyến ngư quốc gia