Cụ thể, ngày 25/11/2015, Quốc hội thông qua Luật phí và lệ phí số 97/2015/QH13, theo đó, về phí: Chuyển 6 khoản phí trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định tại Nghị định số 24/2006/NĐ-CP sang thực hiện theo giá dịch vụ (gồm thủy lợi phí; phí kiểm nghiệm chất lượng thức ăn chăn nuôi; phí kiểm nghiệm thuốc thú y; phí kiểm định, khảo nghiệm thuốc bảo vệ thực vật; phí chẩn đoán thú y).
Về lệ phí, bãi bỏ 9 khoản lệ phí trong lĩnh vực nông nghiệp theo quy định tại Nghị định số 24/2006/NĐ-CP (gồm lệ phí cấp chứng nhận kết quả giám sát khử trùng vật thể thuộc diện kiểm dịch thực vật; lệ phí cấp chứng chỉ hành nghề xông hơi khử trùng; lệ phí cấp phép sản xuất kinh doanh thuốc thú y; lệ phí cấp phép khảo nghiệm thuốc bảo vệ thực vật; lệ phí cấp giấy chứng nhận đăng ký thuốc bảo vệ thực vật ở Việt Nam; lệ phí cấp chứng chỉ hành nghề sản xuất kinh doanh thuốc bảo vệ thực vật; lệ phí cấp giấy phép đối với các hoạt động phải có phép trong phạm vi bảo vệ công trình thuỷ lợi; lệ phí cấp giấy phép vận chuyển đặc biệt đối với động vật quý hiếm và sản phẩm của chúng).
Theo Bộ Tài chính, việc chuyển 6 khoản phí sang thực hiện theo giá dịch vụ, bãi bỏ 9 khoản lệ phí nêu trên góp phần thu hút nguồn lực cho phát triển dịch vụ sự nghiệp công, thúc đẩy cải cách hành chính trong nông nghiệp.
Tiếp đó, ngày 7/8/2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 113/2015/TT-BTC sửa đổi 1 khoản lệ phí, bãi bỏ 13 khoản lệ phí (Lệ phí cấp giấy chứng nhận vùng, cơ sở an toàn dịch bệnh; lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật vận chuyển qua bưu điện...), bãi bỏ 21 khoản phí thú y (Phí kiểm dịch trứng gia cầm các loại; phí kiểm dịch sản phẩm động vật pha lóc, đóng gói lại, sơ, chế biến;...).
Đối với lệ phí chứng thực hợp đồng: Tại Điều 5 Thông tư số 226/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016 quy định: Cá nhân, hộ gia đình vay vốn tại tổ chức tín dụng để phục vụ phát triển nông nghiệp, nông thôn theo quy định tại Nghị định số 55/2015/NĐ-CP ngày 9/6/2015 thì không phải nộp phí chứng thực hợp đồng thế chấp tài sản.
Đối với lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất: Miễn lệ phí cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất đối với hộ gia đình, cá nhân ở nông thôn (Thông tư số 250/2016/TT-BTC giao Hội đồng nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định miễn, giảm theo thẩm quyền).
Đối với phí bảo vệ môi trường đối với nước thải: Nước biển dùng vào sản xuất muối xả ra và nước thải sinh hoạt của hộ gia đình ở các xã thuộc vùng nông thôn thuộc đối tượng không chịu phí bảo vệ môi trường đối với nước thải (theo quy định tại Nghị định số 164/2016/NĐ-CP ngày 16/12/2016 của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải).
Năm 2017, thực hiện Nghị quyết số 75/NQ-CP ngày 9/8/2017 của Chính phủ và Chỉ thị số 26/CT-TTg ngày 6/6/2017 của Thủ tướng Chính phủ, để giảm chi phí đầu vào cho doanh nghiệp, Bộ Tài chính đã chủ động ban hành 3 công văn gửi các bộ, ngành, địa phương (số 7923/BTC-CST ngày 15/6/2017, số 10705/BTC-CST ngày 14/8/2017 và số 11316/BTC-CST ngày 24/8/2017) đề nghị rà soát một số khoản phí, lệ phí liên quan đến chi phí đầu vào của doanh nghiệp.
Trên cơ sở kết quả rà soát, Bộ Tài chính đã ban hành một số Thông tư điều chỉnh giảm mức thu một số khoản phí. Cụ thể, ngày 25/01/2018, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 09/2018/TT-BTC sửa đổi Thông tư số 284/2016/TT-BTC ngày 14/11/2016 của Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý, sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực quản lý chất lượng vật tư nuôi trồng thủy sản. Theo đó, điều chỉnh giảm 2 khoản phí: Phí thẩm định cấp giấy chứng nhận vật tư nuôi trồng thủy sản nhập khẩu; Phí thẩm định cấp giấy chứng nhận lưu hành sản phẩm vật tư nuôi trồng thủy sản.
Ngày 7/02/2018, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 14/2018/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 207/2016/TT-BTC ngày 9/11/2016 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định mức thu, chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí trong lĩnh vực trồng trọt và giống cây lâm nghiệp. Theo đó, điều chỉnh giảm 2 khoản phí: Phí bảo hộ giống cây lâm nghiệp; Phí thẩm định kinh doanh có điều kiện thuộc lĩnh vực nông nghiệp.
Về phí, lệ phí trong công tác thú y (Thông tư số 285/2016/TT-BTC) và phí thẩm định quản lý chất lượng an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp (Thông tư số 286/2016/TT-BTC), Bộ Tài chính đã phối hợp với Vasep, VCCI và làm việc với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị đợi khi có quyết định của Thủ tướng Chính phủ quy định về chức năng, quyền hạn của cơ quan thú y, cơ quan bảo vệ thực vật Bộ Tài chính sẽ ban hành văn bản về mức thu, trong đó dự kiến điều chỉnh như sau:
Giảm mức thu 2 khoản phí: (i) Phí thẩm định cấp giấy chứng nhận thực phẩm xuất khẩu theo yêu cầu của nước nhập khẩu đối với trường hợp phải kiểm tra, lấy mẫu tại doanh nghiệp để phục vụ cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu theo yêu cầu của nước nhập khẩu từ 350.000 đồng/lô hàng xuống 200.000 đồng/ lô hàng (giảm 43%); (ii) Phí thẩm định xác nhận kiến thức an toàn thực phẩm trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản đối với Cơ quan trung ương thực hiện từ 50.000 đồng/lần/người xuống 30.000 đồng/lần/người (giảm 40%).
Bãi bỏ 2 khoản lệ phí: (i) Lệ phí cấp giấy chứng nhận kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật trên cạn; thủy sản nhập khẩu, quá cảnh, tạm nhập tái xuất (gồm kho ngoại quan), chuyển cửa khẩu: 70.000 đồng; (ii) Lệ phí cấp chứng chỉ hành nghề dịch vụ thú y: 100.000 đồng.
Về phí trong công tác an toàn vệ sinh thực phẩm (Thông tư số 279/2016/TT-BTC), Bộ Tài chính đã có công văn số 11765/BTC-CST ngày 5/9/2017 gửi xin ý kiến các bộ, ngành, địa phương và VCCI về dự thảo Thông tư sửa đổi Thông tư số 279/2016/TT-BTC. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị chưa ban hành Thông tư sửa đổi Thông tư số 279/2016/TT-BTC vì Nghị định sửa đổi Nghị định số 38/2012/NĐ-CP ngày 25/4/2012 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật an toàn thực phẩm đang trình Chính phủ ký ban hành.
Ngày 2/2/2018, Chính phủ đã ban hành Nghị định số 15/2018/NĐ-CP thay thế Nghị định số 38/2012/NĐ-CP. Căn cứ Nghị định 15/2018/NĐ-CP, Bộ NN&PTNT đang hoàn thiện đề án sửa đổi Thông tư số 279/2016/TT-BTC để phù hợp với Nghị định 15/2018/NĐ-CP.
Về mức thu, dự kiến giảm như sau (đã tiếp thu ý kiến tham gia của Vasep, VCCI): Giảm mức thu 3 khoản phí: (i) Phí Thẩm định hồ sơ công bố hợp quy, công bố phù hợp quy định an toàn thực phẩm; phụ gia thực phẩm; chất hỗ trợ chế biến thực phẩm; thực phẩm đã qua chế biến bao gói sẵn, dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm; công bố hợp quy, công bố phù hợp quy định đối với thuốc lá: Công bố lần đầu từ 500.000 xuống 200.000 (giảm 60%), Công bố lại từ 300.000 xuống 100.000 (giảm 67%); (ii) Phí Thẩm định điều kiện cơ sở kiểm nghiệm, tổ chức chứng nhận hợp quy, cơ quan kiểm tra nhà nước về thực phẩm nhập khẩu:Đánh giá lần đầu, đánh giá mở rộng từ 32.000.000 xuống 28.500.000 (giảm 11%),Đánh giá lại từ 22.500.000 xuống 20.500.000 (giảm 09%); (iii) Phí thẩm định kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa, phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quảng cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế từ 1.200.000 xuống 1.100.000 (giảm 08%).
Về phí đăng kiểm an toàn kỹ thuật tàu cá, kiểm định trang thiết bị nghề cá; phí thẩm định xác nhận nguồn gốc nguyên liệu thủy sản; lệ phí cấp giấy phép khai thác, hoạt động thủy sản (Thông tư số 230/2016/TT-BTC), Bộ Tài chính đã có công văn số 11881/BTC-CST ngày 0/9/2017 gửi xin ý kiến các bộ, ngành, địa phương, VCCI và Vasep đối với dự thảo Thông tư sửa đổi Thông tư số 230/2016/TT-BTC ngày 11/11/2016, đồng thời, đề nghị Bộ NNPTNT đề xuất phương án sửa Thông tư số 230/2016/TT-BTC phù hợp với quy trình truy xuất nguồn gốc nguyên liệu thủy sản tại Thông tư số 02/2018/TT-BNNPTNT. Hiện nay, Bộ Tài chính đang hoàn thiện và dự kiến sẽ ký ban hành trong tháng 5/2018.
Bộ Tài chính cũng đã phối hợp với Bộ NNPTNT, Bộ Kế hoạch và Đầu tưxây dựng, hoàn chỉnh và trình Chính phủ ban hành Nghị định số 57/2018/NĐ-CP ngày 17/4/2018 về cơ chế, chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn (thay thế Nghị định số 210/2013/NĐ-CP ngày 19/12/2013 của Chính phủ về chính sách khuyến khích doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn), trong đó đã lồng ghép và rút gọn thủ tục hành chính đối với doanh nghiệp đầu tư vào nông nghiệp, nông thôn nhằm rút ngắn thời gian, giảm thủ tục hành chính và tăng khả năng tiếp cận các cơ hội ưu đãi đầu tư của doanh nghiệp.
Theo Bộ Tài chính, trong thời gian qua, pháp luật về thuế đã được sửa đổi, bổ sung để phù hợp với điều kiện thực tế, khuyến khích doanh nghiệp đầu tư phát triển sản xuất, trong đó chú trọng thu hút đầu tư vào một số lĩnh vực cần khuyến khích đầu tư, địa bàn khuyến khích đầu tư (địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, khu công nghệ cao). Đặc biệt, pháp luật về thuế đã quy định ưu đãi ở mức cao nhất đối với lĩnh vực nông nghiệp nhằm khuyến khích và tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất, kinh doanh trong lĩnh vực nông nghiệp, tháo gỡ khó khăn cho đời sống nông dân
Trong thời gian tới, Bộ Tài Chính sẽ tiếp tục quán triệt chủ trương ưu tiên, khuyến khích của Đảng, Nhà nước đối với lĩnh vực nông nghiệp, nông dân, nông thôn, trong quá trình nghiên cứu sửa đổi các luật thuế. Đồng thời, tiếp tục thực hiện các giải pháp cải thiện môi trường kinh doanh và hỗ trợ, phát triển doanh nghiệp nói chung theo các Nghị quyết của Chính phủ, Bộ Tài chính sẽ tích cực, chủ động phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Kế hoạch và Đầu tư và các cơ quan liên quan đẩy mạnh triển khai thực hiện Nghị định số 57/2018/NĐ-CP./