Đầu tư ít nên 60-70% kinh phí chủ yếu là dành cho trả lương, số tiền đầu tư cho trực tiếp nghiên cứu là không đáng kể, mà phần lớn là để trả lương cho 6000-7000 cán bộ ngành nông nghiệp. Thiếu tiền đầu tư nên trang bị, cơ sở hạ tầng của các cơ quan nghiên cứu xuống cấp 1 cách thê thảm

Nói về thành công của 20 năm đổi mới nông nghiệp nông thôn, mọi người đều nhất trí về vai trò quyết định của các chính sách hợp lòng dân, hợp quy luật của Nhà nước. Nhưng yếu tố vật chất tạo nên sức bật mạnh mẽ trong sản xuất nông nghiệp chính là lao động, nội lực của nhân dân cộng với tiềm năng về tài nguyên và khoa học công nghệ vốn chưa được khai thác. Cuộc “cách mạng xanh” đã bắt đầu ở Châu Á từ cuối thập kỷ 60 với sự ra đời của giống lúa IR8, tuy nhiên với cơ chế quản lý lạc hậu của Hợp tác xã (HTX) đã kìm hãm sự phát triển của năng suất lúa ở Việt Nam trong suốt hàng chục năm. Chỉ đến sau khoán 10 và Chỉ thị 100, năng suất lúa của miền Bắc và toàn quốc mới tăng trở lại. Sự cởi trói về chính sách cộng với đổi mới khoa học công nghệ (KHCN) đã đóng góp phần lớn vào sự tăng trưởng đột biến của sản xuất lương thực trong giai đoạn đầu đổi mới.

Đáng tiếc là, sau khi khai thác hết hiệu quả của KHCN giai đoạn đầu, hiệu quả đóng góp của KHCN trong tăng trưởng sản xuất nông nghiệp giảm dần đi một nửa trong giai đoạn từ 1991 đến 1995 đến còn 1/3 trong giai đoạn từ 1996 đến 2000.

Nguyên nhân giảm sút vai trò của KHCN trong sản xuất nông nghiệp trước hết là do đầu tư ít ỏi cho lĩnh vực này. Trong giai đoạn trước đây, tỷ lệ đầu tư công cho nghiên cứu khoa học trong nông nghiệp của Việt Nam chỉ chiếm 0.12% trong GDP nông nghiệp trong khi tỷ lệ này ở Trung Quốc là: 0,43%, Thái Lan: Thái Lan: 1,40% ; Indonesia: 0,27%; Malaysia: 1,06%; Trung bình các nước châu Á: 0,58%. Đầu tư ít nên 60-70% kinh phí chủ yếu là dành cho trả lương, số tiền đầu tư cho trực tiếp nghiên cứu là không đáng kể, mà phần lớn là để trả lương cho 6000-7000 cán bộ ngành nông nghiệp. Thiếu tiền đầu tư nên trang bị, cơ sở hạ tầng của các cơ quan nghiên cứu xuống cấp 1 cách thê thảm. Cán bộ không yên tâm công tác, người giỏi bỏ đi, người ở lại lo làm thêm kiếm tiền.

Một yếu kém khác của hệ thống nghiên cứu khoa học nông nghiệp của Việt Nam là tình trạng bất cập về tổ chức hệ thống. Bộ Nông nghiệp và PTNT được nhập lại từ 7 bộ khác nhau, trong khi các cơ quan quản lý nhà nước liên tục thay đổi và hợp nhất thì hệ thống các viện nghiên cứu gần như giữ nguyên trạng, nhất là các cơ quan nghiên cứu nông nghiệp. Cho đến cuối năm 2004, Bộ có gần 30 viện và trung tâm nghiên cứu trực thuộc với 5000 nghìn cán bộ nghiên cứu. Lớn nhất trong tất cả các bộ ngành. Quân đông nhưng không tinh, cơ quan nhiều nhưng không chuyên. Kéo dài tình trạng chồng lấn, bỏ trống lĩnh vực và địa bàn nghiên cứu, kinh phí đã ít lại phải chia đều, chủ yếu nhằm nuôi nhau hơn là đầu tư tìm ra các phát kiến khoa học mới

Khắc phục tình trạng yếu kém trên, Nhà nước và Bộ đã kiên quyết tăng đầu tư cho nghiên cứu và sắp xếp lại hệ thống các cơ quan nghiên cứu của ngành. Về kinh phí, trong 3 năm qua, kinh phí đầu tư cho nghiên cứu khoa học của Bộ đã tăng từ 162,3 tỉ năm 2001 lên 197,5 tỉ năm 2003. Nhờ đó, một đề tài cấp Bộ, đề tài cơ sở đã có qui mô kinh phí tăng gấp 4-5 lần trước đây. Tháng 4 năm 2003, Chính phủ đã ký thoả thuận với Ngân hàng châu Á vay một khoản tiền là 60 triệu USD cho chương trình phát triển ngành nông nghiệp, trong đó có dành một phần để đầu tư xây dựng trụ sở làm việc cho 19 cơ quan nghiên cứu của ngành. Trong giai đoạn 2007-2011, một khoản đầu tư 40 triệu USD khác cũng đang được Chính phủ và ADB chuẩn bị để tăng cường năng lực cho hệ thống khoa học công nghệ bằng đầu tư trang thiết bị và đào tạo cán bộ.

Về tổ chức bộ máy, thực hiện quyết định số, ngày, về việc của Thủ tướng Chính phủ, Bộ Nông nghiệp và PTNT đã tiến hành sắp xếp lại hệ thống các viện nghiên cứu trồng trọt, nhập 10 đơn vị vào Viện Khoa học nông nghiệp Việt Nam (VASS). Theo tiến độ đã trình Chính phủ, đến năm 2008, Bộ sẽ quản lý trực tiếp 6 viện nghiên cứu là: Viện Khoa học Nông nghiệp Việt Nam, Viện Khoa học Lâm nghiệp Việt Nam, Viện Khoa học Thuỷ lợi Việt Nam, Viện Chính sách và Chiến lược phát triển nông nghiệp nông thôn, Viện Chăn nuôi và Thú y, Viện Cơ điện nông nghiệp và Công nghệ sau thu hoạch. Bên cạnh đó, Bộ cũng thành lập một số viện vùng trực thuộc VASS để thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu ứng dụng phục vũ cho các vùng sinh thái chính. Song song với quá trình này, Trung tâm Khuyến nông QG cũng được thành lập, tập trung vào hoạt động dịch vụ công, tách ra khỏi hệ thống các cục quản lý nhà nước

Rõ ràng, trong 3 vấn đề: tăng kinh phí, tái tổ chức và cải tiến cơ chế quản lý thì việc thứ 3 là khó khăn nhất. Đòi hỏi thời gian, tài nguyên, quyết tâm và sáng tạo của toàn bộ hệ thống bởi vì những khó khăn về quản lý khoa học là thử thách rất lớn. Mặc dù đề án đổi mới cơ chế quản lý KHCN đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tháng 9/2004 và đề án phát triển thị trường KHCN đã được Thủ tướng Chính phủ thông qua từ tháng 8/2005, Nghị định quy định cơ chế tự chủ tự chịu trách nhiệm của các tổ chức KHCN đã được thông qua từ tháng 9/2005 nhưng cho đến nay, một số văn bản hướng dẫn vẫn chưa được ban hành, việc triển khai chung khá chậm.

Sau đây là một số khía cạnh của vấn đề đó:

Từ rất lâu nay, cán bộ nghiên cứu đã phản ứng gay gắt về cơ chế quản lý tài chính trong khoa học. Hình thức quản lý về tài chính rất chặt chẽ với các định mức và chứng từ thanh toán chi tiết nhưng các thủ tục này không gắn liền với đòi hỏi thực tế và chất lượng chuyên môn. Vì vậy, cán bộ khoa học đầu tư rất nhiều thời gian vào việc hoàn thành thủ tục tài chính, trong khi một phần lớn thủ tục này chỉ là hình thức. Những cố gắng đáp ứng một cách hình thức này, một mặt xói mòn tinh thần trung thực của cán bộ khoa học, mặt khác vẫn tạo ra những kẽ hở cho tham nhũng.

Bên cạnh những bất cập về kinh phí, cán bộ nghiên cứu còn khó khăn về các bất cập trong tổ chức. Cơ chế tập trung trong quản lý khiến vừa hạn chế vai trò của Viện, Trường, vừa làm quá tải và chậm chễ công tác của cấp Bộ. Thu nhập chính đáng của cán bộ khoa học được gắn với chức vụ, thứ bậc về mặt hành chính mà không gắn với khối lượng và chất lượng công trình nghiên cứu. Công tác tuyển chọn, tuyển dụng cán bộ nghiên cứu không thu hút và bồi dưỡng được nhân tài. Việc cất nhắc, đề bạt cán bộ dựa theo các tiêu chí về bằng cấp, học vị mà không dựa vào các tiêu chuẩn thực tài, năng lực nghiên cứu, kiến thức chuyên môn thực sự. Chế độ biên chế cứng cản trở cán bộ có năng lực tham gia đội ngũ nghiên cứu, trong khi dung dưỡng một số cán bộ (kể cả người ở lứa tuổi trẻ) ỉ lại không chịu học hỏi, phấn đấu.

Các vướng mắc trong quản lý khoa học dẫn đến tình trạng phân chia vốn cho các đơn vị nghiên cứu theo kiểu “bốc thuốc” với mục đích rải đều để nuôi các đơn vị hơn là tạo ra các công trình tạo ra các tiến bộ mang tính chất đột phá trong khoa học. Việc lựa chọn ưu tiên nghiên cứu chưa bám sát nhu cầu thực tế của sản xuất Hoạt động nghiên cứu, đào tạo và khuyến nông không phối hợp chặt chẽ với nhau. Các đề tài cấp Quốc gia, cấp Bộ, cấp địa phương và của quốc tế nhiều khi trùng lắp hoặc bỏ trống nhiều lĩnh vực quan trọng. Kết quả nghiên cứu chưa được hỗ trợ và giám sát để được tuyên truyền và áp dụng trong thực tiễn. Công tác đánh giá hiệu quả nghiên cứu, chuyển giao khoa học công nghệ còn hình thức, không gắn với đánh giá và đãi ngộ cho cơ quan, cán bộ nghiên cứu.

Trong chương trình phát triển tương lai, ngành nông nghiệp phải tiếp tục duy trì mức tăng trưởng cao trong hoàn cảnh nguồn đất và nguồn nước ngày càng thu hẹp, giá lao động tăng dần, mức độ cạnh tranh thương mại ngày càng gay gắt. Rõ ràng, động lực phát triển chính trong tương lai phải là KHCN. Mặc dù phaỉ đương đầu với rất nhiều khó khăn, các nghiên cứu gần đây của Ngân hàng thế giới cho thấy hiệu quả đầu tư cho KHCN nông nghiệp Việt Nam cao gấp 10 lần so với đầu tư cho thuỷ lợi, gấp 4 lần cho giao thông nông thôn và gấp 6 lần cho giáo dục cơ sở. Phát triển và ứng dụng KHCN là đỏi hỏi tất yếu của cuộc sống. Các chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước gần đây về đổi mới khoa học công nghệ đang thổi lên một làn gió mới đáp ứng nguyện vọng chính đáng này của cuộc sống. Nhìn chung, các chính sách này tạo điều kiện để cơ chế thị trường phát huy tác dụng trên hai lĩnh vực chính, một là thị trường lao động của trí thức, hai là thị trường của sản phẩm khoa học công nghệ. Các chính sách này một mặt trao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm cho tổ chức khoa học công lập, mặt khác tạo ra những khuyến khích về vật chất và tinh thần cho người lao động trí óc, nhất là người tài. Ở đầu ra, chính sách mới tạo điều kiện hình thành thị trường công nghệ và tạo điều kiện để thị trường đó phát triển.

Khác với các chính sách đổi mới trong nông nghiệp trước đây, các chính sách đổi mới trong KHCN bên cạnh những cơ hội to lớn cũng đem lại nhiều thách thức cho cán bộ nghiên cứu và lãnh đạo các cơ quan nghiên cứu khoa học. Điều lo ngại chính là việc cắt quỹ lương biên chế thường xuyên. Những người không có khả năng học tập, phấn đấu sợ bị mất nguồn trợ cấp ổn định, nhưng những người chấp nhận cạnh tranh muốn vươn lên cũng e ngại về khả năng hình thành một thị trường khoa học công bằng. Nhiều câu hỏi hợp lý được nêu lên như: Liệu các đề tài được đưa ra đấu thầu có được xét duyệt một cách cạnh tranh công bằng hay không? Trình độ và đức độ của những người cầm cân nảy mực trong việc lựa chọn, đánh giá các cơ quan nghiên cứu có công minh, vô tư hay không? Có chấm dứt được tình trạng nể nang, chạy trọt, “quân xanh, quân đỏ” đã từng xẩy ra trong khoa học và trong xây dựng cơ bản? Trong điều kiện giao quyền quản lý cao cho các cấp lãnh đạo, có cách nào gắn giữa trách nhiệm cá nhân với quyền hạn, có cách nào phát huy dân chủ, đảm bảo chế tài của pháp luật để ngăn chặn tình trạng tham nhũng, lạm quyền được hay không?

Đối với người lãnh đạo các đơn vị, nhiều băn khoăn vướng mắc cũng được nêu ra như: Có nên nhẫn tâm và có thể quyết tâm đưa ra khỏi công tác nghiên cứu một số lớn cán bộ không đáp ứng được yêu cầu của giai đoạn mới nhưng lại là những người đã đóng góp công sức cho cơ quan, cho lĩnh vực nghiên cứu qua nhiều năm gian khổ? Làm thế nào thu hút được đội ngũ các cán bộ trẻ, có năng lực, được đào tạo tốt nhưng đòi hỏi đãi ngộ cao và thiếu nhiều kinh nghiệm về thực tiễn? Làm thế nào chuyển từ một cơ chế chủ yếu dựa vào đầu tư của Nhà nước, dựa vào khách hàng Nhà nước, sang cơ chế đa dạng về nguồn thu, cạnh tranh trên thị trường trong khi các văn bản, luật lệ nhất là về tài chính chuyển đổi rất chậm? Làm thế nào chuyển đổi từ cơ chế quản lý dựa vào tập thể các quyết định, nhất là về tổ chức phải thông qua tổ chức có sự đồng thuận cao, chuyển sang một cơ chế rõ ràng về trách nhiệm cá nhân?